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宏基因組學測序的主要瓶(ping)頸(jing)是快速(su)有效的DNA提取。我們對(dui)多種樣本(ben)類型采用了三種磁珠提取法平臺(KingFisher, epMotion, and Tecan)和(he)一(yi)種標(biao)準化離心柱(zhu)法平(ping)臺進行(xing)了DNA提取(qu)效率的比較(jiao)實驗(yan)，這些樣本包括糞便、口(kou)腔、皮膚、土壤和(he)水(shui)。美(mei)國科學家Clarisse Marotz等提(ti)取重(zhong)復樣本并且用16S rRNA基(ji)因(yin)擴增平行(xing)測序來評估提取差異和DNA質量。數據證明，與(yu)樣(yang)本的多樣(yang)性相比，提取方法對(dui)測序結(jie)果(guo)的任何影(ying)響(xiang)很(hen)小。然而(er)，KingFisher平臺可以(yi)在zui短(duan)的時(shi)間(jian)內產生(sheng)zui大量(liang)的高質量(liang)讀長序列。基(ji)于這些結(jie)果，我(wo)們在沒有丟失(shi)細菌分類或豐度信息(xi)的情況(kuang)下顯著減少(shao)了(le)樣本的處理(li)時(shi)間(jian)。

原(yuan)文：

DNA extraction for streamlined metagenomics of diverse environmental samples. Clarisse Marotz, Amnon Amir, Greg Humphrey. BioTechniques 62:290-293 (June 2017).